در اجرای دستور رئیس کل دیوان محاسبات کشور مبنی بر حسابرسی ویژه از عملکرد منطقه آزاد اروند، هیئت حسابرسی ویژه رسیدگی به عملکرد این منطقه، اول شهریور ماه ۱۳۹۹ تشکیل و با بررسی و حسابرسی عملکرد این سازمان از سال ۱۳۹۵ الی ۱۳۹۸ گزارش تخلفات آن را که حاکی از وقوع تخلف در بخش های مختلف منطقه بوده است، به دادسرای دیوان محاسبات کشور ارسال کرد. 

به گفته مدیرکل دیوان محاسبات استان خوزستان، در حال حاضر گزارش نهایی تخلفات منطقه آزاد اروند در مرحله رسیدگی و صدور رای در دادسرا و هیات های مستشاری دیوان محاسبات کشور می باشد.  

رئیس کل دیوان محاسبات کشور در خصوص رسیدگی به عملکرد مناطق آزاد تاکید دارد که مناطق آزاد جهت تسهیل مراودات تجاری با هدف توسعه مناطق ایجاد شده است و این به معنای مجوز برای بی نظمی های مالی نیست. درجه آزادی بالا در برخی از مناطق آزاد نباید باعث تخلف و انحراف در اهداف مناطق آزاد شود.